| Informacinių technologijų valdymo komitetas |
| Komitetui pavesta užtikrinti, kad informacinių technologijų panaudojimas Valstybės kontrolėje kuo didesniu mastu prisidėtų prie institucijos strateginių tikslų pasiekimo. |
| Valstybės kontrolės darbuotojų kvalifikacijos kėlimo koordinavimo komitetas |
| Komitetui pavesta užtikrinti darbuotojų mokymo ir kvalifikacijos tobulinimo, planavimo ir organizavimo proceso koordinavimą, priežiūrą ir tobulinimą, taip pat tinkamą kandidatų kvalifikacijai kelti užsienyje atranką. |
| Valstybės kontrolės turto pripažinimo nereikalingu arba netinkamu (negalimu) naudoti, taip pat jo nurašymo, išardymo ir likvidavimo komisija |
| Komisijai pavesta užtikrinti nereikalingo ir netinkamo naudoti turto nurašymą ir sunaikinimą teisės aktų nustatyta tvarka. |
| Valstybės kontrolės valstybinio audito metodikos ir kokybės komisija |
| Komisija sukurta tobulinti valstybinio audito metodiką ir užtikrinti, kad ji visais reikšmingais atžvilgiais atitiktų tarptautiniu mastu pripažintus audito standartus. |
| Valstybės kontrolės strateginio valdymo komisija |
| Komisijai pavesta patarti valstybės kontrolieriui priimant sprendimus dėl aukščiausiosios audito institucijos veiklos strateginių krypčių ir procesų valdymo, siekiant užtikrinti nuoseklų institucijos vystymąsi. |
| Valstybės kontrolės tarnybinės etikos komisija |
| Komisija vertina informaciją dėl darbuotojų veiksmų atitikties tarnybinę etiką ar elgesį reglamentuojantiems teisės aktų reikalavimams, tiria galimus tarnybinės etikos pažeidimus, rengia ir įgyvendina tarnybinės etikos ir elgesio normų pažeidimų prevencijos priemones, teikia išvadas, rekomendacijas, nuomones. |
| Valstybės kontrolės viešųjų pirkimų komisija |
| Komisijai pavesta organizuoti ir atlikti Valstybės kontrolės viešuosius pirkimus. |
| Valstybės kontrolės valstybės tarnautojų prašymų leisti dirbti kitą darbą pagal darbo sutartį nagrinėjimo komisija |
| Nuolatinei komisijai pavesta nagrinėti Valstybės kontrolės tarnautojų prašymus leisti dirbti kitą darbą. |
| Valstybės kontrolės valstybės tarnautojų tarnybinės veiklos vertinimo komisija |
| Komisijai pavesta vertinti valstybės tarnautojų tarnybinę veiklą. |
| Valstybės kontrolės korupcijos prevencijos komisija |
| Komisijai pavesta pagal kompetenciją koordinuoti Valstybės kontrolės veiklas korupcijos prevencijos srityje, išskirti prioritetines veiklos, šalinančios korupcijos priežastis, kryptis, užtikrinti nuoseklų priemonių, didinančių korupcijos prevencijos veiksmingumą, įgyvendinimą, kurti ir palaikyti korupcijai atsparią aplinką institucijoje. |
| Valstybės kontrolės lengvų nelaimingų atsitikimų darbe tyrimo dvišalė komisija |
| Komisijai pavesta ištirti lengvus nelaimingus atsitikimus Valstybės kontrolėje. |
| Valstybės kontrolės reikmėms sunaudotų materialinių vertybių ir suteiktų paslaugų nurašymo komisija |
| Komisijai pavesta užtikrinti teisėtą ir teisingą Valstybės kontrolės reikmėms sunaudotų materialinių vertybių ir suteiktų paslaugų nurašymą. |
| Vidaus kokybės audito grupė |
| Grupei pavesta užtikrinti tinkamą kokybės vadybos sistemos, atitinkančios ISO 9001:2008 ir ISO 19001:2011 kokybės standarto reikalavimus, funkcionalumą. |